14 września 2006 r. pełniący obowiązki Prezydenta Warszawy Kazimierz Marcinkiewicz ogłosił nowe plany poprowadzenia II linii metra. Plany II również III linii połączono w środku II linię metra. Zmiany dotyczyły linii po praskiej stronie Wisły.
II profil ma się zginać z 28 stacji także być wyposażonym rozciągłość 31 km. Cała trasa jest podzielona na 4 odcinki: zachodni, centralny, północny plus południowy także w środku takich etapach będzie budowana. Pierwsze prace budowlane wobec II linii, mają się ruszyć od czasu odcinka centralnego w środku 2008 r.
Trasa będzie przebiegać: od czasu zachodu, odkąd STP-Mory potem przy ul. Górczewską, przetnie I linię metra na stacji Świętokrzyska, później przebiegnie mostem ponad Wisłą do stacji Stadion, po Praskiej stronie Wisły nastąpi urozmaicenie na północ w środku stronę Bródna plus na godzina dwunasta do wnętrza stronę Gocławia. Od stacji Dw. Wschodni będą poprowadzone tory do STP-Kozia Górka.
Według władz Warszawy wobec dofinansowaniu budowy wskroś Unię Europejską sektor środkowy zostanie zbudowany do wnętrza 2011 r. dodatkowo lojalny do użytku do wnętrza I połowie 2012 r., sektor na Pradze zostanie koleżeński wewnątrz II połowie roku.
30 października 2006 r. podpisano umowę dotyczącą opracowania "Studium wykonalności budowy drugiej linii metra wewnątrz Warszawie na odcinku B-10 Rondo Daszyńskiego – B-16 Dworzec Wileński co do jednego z dostawą taboru metra". Studium Wykonalności projektu zawiera szczegółowe projekty dodatkowo rozwiązania technologiczne na odcinku centralnym II linii metra. Ponadto, Studium Wykonalności jest niezbędnym załącznikiem pozwalającym ubiegać się Warszawie o dotacje tej inwestycji z funduszy unijnych na lata 2007-2013. Studium Wykonalności zrealizuje federacja firm: SUDOP PRAHA a.s. również DB Projekt Sp. z o.o. oferujące cenę 1,45 mln zł netto zbyt wykonanie przedmiotu umowy. Odbiór przedmiotu zamówienia przebywać się będzie w środku czterech fazach: